Die Wasserkirche ist der Ort, wo im Mittelalter die Hinrichtungsstätte der Stadtheiligen Felix und Regula verehrt wurde. 1940/41 fanden hier archäologische Ausgrabungen statt, die seither besichtigt werden können. Sie geben neben einem Blick auf den Märtyrerstein einen Eindruck von der reichen Geschichte dieses einzigartigen Ortes. 
 
Seit über 60 Jahren ist die Grabungsstätte nun schon der Öffentlichkeit zugänglich. Die viel besuchte archäologische Krypta birgt durchaus noch Geheimnisse. Eine kleine Grabung führte 2004 zur Entdeckung eines rund 1000-jährigen Grabes.
 
An der mehrsprachigen Hörstation in der Krypta können die Leidensgeschichte von Felix und Regula und weitere Gründungslegenden der Stadt Zürich gehört werden.

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